Przeciwwskazaniem do stosowania sulfonamidów jest przede wszystkim nadwrażliwość na te związki, ponadto nie podaje się. ich w niewydolności nerek i wątroby, w ciąży, przy istnieniu zmian w układzie krwiotwórczym. Nie należy podawać sulfonamidów niemowlętom. Działania niepożądane sulfonamidów są liczne i różnorodne, zależne od stosowanego preparatu oraz dawki całkowitej. Objawy ze strony układu krwiotwórczego uważa się za najpoważniejsze, może wystąpić agranulocytoza, trombocytopenia, leukopenia, a nawet anemia aplastyczna i hemolityczna. Powikłania te występują po sulfonamidach o przedłużonym działaniu. Po zakończeniu leczenia wskazane jest wykonanie kontrolnego badania obrazu krwi. Przy obecnie stosowanych sulfonamidach krystalizacja ich pochodnych w cewkach nerkowych jest zjawiskiem stosunkowo rzadkim, częściej zdarzała się przy terapii sulfatiazolem. Niekiedy występuje skąpomocz, białkomocz, krwinkomocz. Najczęściej są to wysypki skórne, obrzęki błony śluzowej, stawów oraz odczyny hipertermiczne. Zmiany skórne nasilają się przy opalaniu i naświetlaniu lampą kwarcową.